فئة من اندونوكليسيس أن كليفس الحمض النووي بعد الاعتراف بتسلسل معين، مثلاً، Bam H1 (5´GGATCC3´)، ديي الإيكولوجية ري (5´GAATTC3´)، و هين (5´AAGCTT3´). وهناك ثلاثة أنواع من إنزيمات التقييد اندونوكليسي:

"الأول: نوع" التخفيضات غير تحديداً على مسافة أكبر من 1000 شركة بريتيش بتروليوم من تسلسل الاعتراف به ويحتوي على أنشطة كل من التقييد ومثلايشن.

النوع الثاني: تخفيضات في أو قرب قصيرة، وغالباً ما المتناوب (q.v.)، الاعتراف بالتسلسل. إنزيم منفصلة A ميثيلاتيس نفس تسلسل الاعتراف. ينتهي أنهم قد إجراء التخفيضات في خيوط الحمض النووي هما بالضبط مقابل بعضها البعض وتوليد كليلة، أو أنهم قد جعل التخفيضات متعاقبة لتوليد نهايات لزجة. إنزيمات التقييد النوع الثاني هي التي تستغل عادة في تكنولوجيا الحمض النووي المؤتلف.

"النوع الثالث": تخفيضات bp 24-26 المصب من تسلسل اعتراف قصيرة، وغير متناظرة. يتطلب ATP ويحتوي على أنشطة كل من التقييد ومثلايشن.