وبشكل عام، عمليات الكائنات الحية التي حمل الأكسجين وإزالة ثاني أكسيد الكربون من أجل توفير الطاقة. تعريفاً أكثر رسمية وشاملة من مختلف العمليات المرتبطة بتحويل الكيمياء الحيوية للطاقة المتاحة في الركازات العضوية المستمدة من المواد الغذائية للطاقة يمكن استخدامها للتركيبية ونقل العمليات، والعمل الخارجي، وفي نهاية المطاف، الحرارة. هذا التحول، اعتبرت عموما الأيض، يتطلب وجود الأكسجين الأكثر شيوعاً وينطوي على أكسدة كاملة من الركازات العضوية إلى ثاني أكسيد الكربون والماء (التنفس الهوائي). إذا الأكسدة غير مكتمل، أسفر عن المركبات العضوية كالمنتجات النهائية وعادة لا تشارك الأكسجين ثم اعتبرت العملية التنفس اللاهوائي. الأوكسجين المطلوبة في التنفس الهوائي في نهاية المطاف مستمدة من الجو أو من الأوكسجين المذابة في الماء. وكثيراً ما يسمى عملية تبادل ونقل الأكسجين من بيئة الحيوان للسوائل المواقع المشاركة في الأيض، والنقل العكسي وتبادل ثاني أكسيد الكربون المنتج النهائي، التنفس، على الرغم من أنها مجرد جزء من العملية الشاملة.