تسلسل الأحماض الأمينية التي تم إجراء هندسة عكسية إلى بروتين تسهل على تنقية. هذه يمكن أن تعمل في عدد من الطرق. يمكن أن يكون العلامة أخرى من البروتين، التي تلزم لبعض المواد الأخرى شكل محكم جداً، وبالتالي السماح للبروتين يتم تنقيتها بالتقارب اللوني (q.v.). العلامة يمكن أن تكون سلسلة قصيرة من الأحماض الأمينية، التي تعترف بها جسم مضاد. ثم أن ربط الجسم إلى البروتين في حين أنها لم تفعل ذلك من قبل. قد تم تصميم الببتيد أحد هذه قصيرة، طالب العلم، حيث أنه من السهل خاصة لجعل الأجسام المضادة ضد ذلك. العلامة يمكن أن يكون عدد قليل من الأحماض الأمينية، التي تستخدم فيما بعد كإحدى العلامات كيميائية على البروتين. سيتم ربط على سبيل المثال، سلسلة من الأحماض الأمينية مشحونة إيجابيا جداً بشدة إلى عامل تصفية مشحونة سلبا: هذا يمكن أن تستخدم كالأساس لنظام فصل. ربط بعض الأحماض الأمينية المعادن جداً بشدة، لا سيما في أزواج: يمكن استغلال هذه الخاصية الكيميائية باستخدام عامل تصفية مع ذرات المعدن مرتبطة كيميائيا على أنه سحب بروتين من خليط بروتينات.